В странах СНГ пополнить счет в Яндекс.Деньгах можно наличными через системы денежных переводов CONTACT и Anelik, где есть прием и белорусских рублей, и украинских гривен, и тенге. Комиссия за пополнение счета составляет от 1,5 до 2%. В офисах CONTACT и MIGOM можно также вывести деньги из системы.

Яндекс.Деньги были созданы в 2002 году. Ежедневно в системе открывается более 8000 новых счетов, проводится более 80000 платежей за различные товары и услуги. Не так давно была открыта возможность расплачиваться за товары и услуги на сайте платежной системы непосредственно с карты любого российского банка, не сообщая ее реквизиты продавцу.